A la fois muséum d'histoire naturelle et jardin zoologique sis au cœur de la Citadelle de Besançon, la partie Zoo de la Citadelle présente des espèces d'animaux sauvages du monde dont un grand nombre sont menacées d'extinction et font l'objet de programmes d'élevages européens auxquels participe le muséum (singes, lémuriens, mammifères herbivores, oiseaux...). Lors de la visite les visiteurs accèdent également à un insectarium, un aquarium, une mini-ferme et un noctarium qui permet de découvrir des espèces d'animaux nocturnes. Parmi les espèces vivantes présentées à la Citadelle, on peut notamment observer des animaux rares d'ici (le criquet de Crau, la salamandre tachetée, l'écrevisse des torrents, le grand hamster, la couleuvre vipérine,...) ou d'ailleurs (gélada, propithèque couronné, grand hapalémur, mygale bleue,...).
