Le Muséum présente une très importante collection zoologique de plus de 1,6 Millons de specimens, dont un squelette de Basilosaurus, mammifère marin et superprédateur de 15 m qui vivait il y a 38 millions d'années. Dans le cadre d'un programme de rénovation ayant débuté en Janvier 2025, le Muséum ferme certains espaces (le bâtiment côté rue Voltaire) au public : la bibliothèque scientifique, la médiathèque et les activités dans l’amphithéâtre (conférences). Le vivarium est définitivement fermé.
